Das Refektorium ist das älteste noch erhaltene Gebäude des Klosters. Es wurde bereits um 1300 erbaut. Der Südostflügel wird im Lageplan von 1622 als »Schlafhaus«, der Südwestflügel wird im selben Plan als »Remter« benannt, was Refektorium bedeutet. Teile der Fassaden und der Bausubstanz im Inneren sind noch mittelalterlich. Im Refektorium sind noch Spuren der früheren zweischiffig gewölbten Halle sichtbar.

Bei der Umgestaltung des Klosters 1722 bis 1730 schuf man in den alten Gebäuden Reihenhäuser, so dass jede Stiftsdame ein eigenes »Haus« erhielt. Diese Raumstruktur prägt die Klostergebäude bis heute ebenso wie das in dieser Zeit errichtete hohe Mansarddach. Das Erscheinungsbild der Fassaden ist geprägt durch einen Umbau aus der Mitte des 19. Jahrhunderts, die Farbgebung der Wände und Fenster entstammt dieser Zeit.

Die Spuren an der Fassade zeigen deutlich die Bausubstanz aus der Zeit um 1300 sowie die Veränderungen und Eingriffe bei den großen Umbauten 1723 und 1729. Auch im Inneren lässt sich anhand der Spuren am Bauwerk der ursprüngliche Zustand einer zweischiffigen gewölbten Halle mit einer mittigen Stützenreihe unterhalb der Kreuzrippengewölbe ablesen.

Beim Umbau 1723 und 1729 wurden die Gewölbe in zwei Phasen abgebrochen und große Breschen in die Außenwände geschlagen, um neue Fenster für die Reihenhausstruktur einzubauen. An der Fassade wurden, die bis dahin hervorstehenden Strebepfeiler entfernt, deren einstige Lage aber bis heute ablesbar ist.

Nach der aufwendigen Sanierung der alten Klostergebäudes wurden 2008 die Räumlichkeiten des ehemaligen Refektoriums für die Einrichtung des Kunstmuseums zur Verfügung gestellt, auch Räume für Wechselausstellungen regionaler Künstler sind entstanden. Die geschichtsträchtigen Räume haben Bauhistoriker über Befundfelder erlebbar gemacht.

Einen Einblick in das Leben der Stiftsdamen können Besucher obendrein gewinnen. Mit der Dauerausstellung von Zeichnungen und Druckgrafiken soll das vielseitige Schaffen der breiten Öffentlichkeit zugänglich gemacht werden. Mit dem Nachlass von Rudolf Gahlbeck (1895 bis 1972) konnte das Kunstmuseum Kloster Malchow eröffnet werden. In der Ausstellung können die Werke von Sieghard Dittner (1924 bis 2002), Friedrich-Franz Pingel (1904 bis 1994) und Peter Hesse (1921 bis 2008) bewundert werden.

Bei der Umgestaltung des Klosters 1722 bis 1730 schuf man in den alten Gebäuden Reihenhäuser, so dass jede Stiftsdame ein eigenes »Haus« erhielt. Diese Raumstruktur prägt die Klostergebäude bis heute ebenso wie das in dieser Zeit errichtete hohe Mansarddach. Das Erscheinungsbild der Fassaden ist geprägt durch einen Umbau aus der Mitte des 19. Jahrhunderts, die Farbgebung der Wände und Fenster entstammt dieser Zeit.

Die Spuren an der Fassade zeigen deutlich die Bausubstanz aus der Zeit um 1300 sowie die Veränderungen und Eingriffe bei den großen Umbauten 1723 und 1729. Auch im Inneren lässt sich anhand der Spuren am Bauwerk der ursprüngliche Zustand einer zweischiffigen gewölbten Halle mit einer mittigen Stützenreihe unterhalb der Kreuzrippengewölbe ablesen.

Beim Umbau 1723 und 1729 wurden die Gewölbe in zwei Phasen abgebrochen und große Breschen in die Außenwände geschlagen, um neue Fenster für die Reihenhausstruktur einzubauen. An der Fassade wurden die bis dahin hervorstehenden Strebepfeiler entfernt, deren einstige Lage aber bis heute ablesbar ist.

Nach der aufwendigen Sanierung wurden die barocken Räumlichkeiten 2008 der Dauerausstellung der im Besitz der Stadt Malchow befindlichen Gemälde, Zeichnungen und Druckgrafiken regionaler Künstler zugedacht. Dort sind Arbeiten der mecklenburgischen Künstler Rudolf Gahlbeck (1895–1972), Sieghard Dittner (1924–2002), Franz-Friedrich Pingel (1904–1994) und Peter Hesse (1921–2008) zu sehen. Die wechselvolle Baugeschichte des ältesten erhaltenen Gebäudes der Klosteranlage lässt sich über sogenannte bauhistorische Befundfenster entdecken. Wechselnde Sonderausstellungen ergänzen und vertiefen die wissenschaftliche Auseinandersetzung mit der mecklenburgischen Malerei des 20. Jahrhunderts.