Der Ort Kloster Malchow hatte bis um 1800 die Verstorbenen der Gemeinde in der Klosterkirche und um die Kirche bestatten lassen. Als dieser Platz jedoch nicht mehr ausreichte, wurde 1818 ein Friedhof unweit der Klosteranlage angelegt. Dafür wurde eine Begräbnisstätte, auf der die in den Jahren 1813/1814 im hiesigen Lazarett (im Amtshaus) verstorbenen fremden Krieger beerdigt worden waren. Der neue Friedhof erhielt ein symmetrisches Wegesystem, welches noch heute im Ansatz erhalten ist.

Am 7. Januar 1819 fand die Weihe des Kirchhofs im Auftrag von Superintendant Fuchs und durch Pastor Weinreben anlässlich der Bestattung einer Leiche aus Petersdorf statt. Nachdem der Friedhof in den darauffolgenden Jahren erweitert wurde, erfolgte 1880 auf der anderen Seite der Inselstadt die Anlegung eines Städtischen Friedhofs, der bis heute in Nutzung ist.

Der Landtag bewilligte 1819 den Bau einer Leichenhalle. Der Entwurf ist erhalten: Der schlichte rechteckige Raum sollte eine anspruchsvolle klassizistische Tempelfassade mit Dreiecksgiebel und je zwei Pilastern links und rechts eines mit einem Rundbogen abgeschlossenen Portals erhalten. Das Traufgesims auf der Nord- und auf der Südseite sowie die drei Seiten des Giebelfeldes erhielten Zahnschnittgesimse. Im Giebelfeld war eine halbrunde Lüftungsöffnung (Lünette) 0vorgesehen. Den Beobachtungen am Bauwerk zufolge war die neue Leichenhalle in leicht abweichender Form realisiert worden. Sie wurde etwas breiter errichtet und erhielt statt eines Rundbogenportals eines mit gedrücktem Korbbogen, auf die Quaderung der Eingangsfassade wurde verzichtet.

Im Herbst 1858 wurde die Leichenhalle auf Antrag des Pastors Scheven mit Aufstellung eines Altarblocks und mit Einfügung neuer Fenster in neugotischen Formen als Kapelle eingerichtet. Ab 1859 fanden hier die Trauerfeiern statt, auch für auswärtige Verstorbene. Der Zustand im Inneren wird deutlich beschrieben: „Die Kapelle sah dürftig genug aus, da die roh gezimmerten Dachbalken nicht verkleidet waren, auch ein Altarbild fehlte. …“

Nach dem Brand der Klosterkirche in der Johannisnacht (24. Juni) 1888 wurde die Kapelle zur Abhaltung der Gottesdienste genutzt. 1895 erhielt die Kapelle ein hölzernes Tonnengewölbe und eine neue Tür. Das Äußere der Kapelle wurde mit dem Kreuz auf dem Giebel und dem Spruch „Deine Toten werden leben“ (Jes. 26.19) über der Tür versehen, der sich über die vermauerte Lünette hinweg zieht..

Detaillierte Kenntnisse zur Gestaltung der Kapelle im Laufe der Jahrzehnte konnte die Restauratorin Bettina Strauß M.A. aus Mirow bei der Auswertung der Farbschichten gewinnen: Bei der Errichtung 1819 waren alle äußeren Wandoberflächen und das Putzgesims mit Kalkmörtel hergestellt worden und ursprünglich einfarbig hellrot gestrichen worden. Bei der Umgestaltung zur Kapelle 1858 waren neue neugotische Fenster eingesetzt und die Außenwände weißlich gestrichen worden. Aufwändig neu gestaltet wurde die Kapelle 1895: außen mit einer neuen Eingangstür und einem hellen gelblichen Anstrich, innen mit einem hölzernen Tonnengewölbte, dessen Nadelholzbretter seitlich profiliert waren, deren Holzoberfläche mit einer rötlichen Wachslasur holzsichtig veredelt worden war. Gemalte rahmende Schablonenfriese und Blattornamente vervollständigten die würdevolle Neugestaltung. Bänke aus der Lexower Kirche wurden für die Malchower Kapelle umgearbeitet und wie die neue Tür und die hölzerne Tonne rötlich lasiert, so dass die Holzmaserung sichtbar blieb. Da die Umgestaltung von 1895 die letzte in sich geschlossene künstlerische Neuinterpretation oder Weiterentwicklung der Kapelle ist, wird die Wiederherstellung in jenem Zustand angestrebt. Folgende Reparaturen und Neuanstriche dienten lediglich der Bauunterhaltung.

Kurz nach der Umgestaltung 1895 wurde auch eine Sichtachse von der Kapelle durch das Friedhofsportal und durch das Gehölz des Engelschen Gartens zum See geschaffen.

Die Umfassungsmauer des Friedhofs mit einer halbsteinschen Lochmauer aus Ziegeln ähnelt den Einfriedungsmauern, die am Kloster an vielen Stellen unter dem Einfluss des Architekten Friedrich Wilhelm Buttel (1796-1869) entstanden sind. Am Friedhof wurde die Mauer jedoch erst um 1900 bei der Erweiterung des Friedhofs errichtet. Das Friedhofsportal stand einstmals frei.

Am 7. Januar 1819 fand die Weihe des Kirchhofs im Auftrag von Superintendenten Adolf Friedrich Fuchs durch Pastor Carl Michael August Weinreben statt.

Der Landtag bewilligte 1819 den Bau einer Leichenhalle. Der Entwurf vom Maurermeister Riecken ist erhalten: Der schlichte rechteckige Raum sollte eine anspruchsvolle klassizistische Tempelfassade mit Dreiecksgiebel und je zwei Pilastern links und rechts eines mit einem Rundbogen abgeschlossenen Portals erhalten. Das Traufgesims auf der Nord- und auf der Südseite sowie die drei Seiten des Giebelfeldes erhielten Zahnschnittgesimse. Im Giebelfeld war eine halbrunde Lüftungsöffnung vorgesehen, die als Lünette bezeichnet wird. Den Beobachtungen am Bauwerk zufolge war die neue Leichenhalle in leicht abweichender Form realisiert worden. Sie wurde etwas breiter errichtet und erhielt statt eines Rundbogenportals ein Portal mit gedrücktem Korbbogen, auf die Quaderung der Eingangsfassade wurde verzichtet.

Im Herbst 1858 wurde die Leichenhalle auf Antrag Pastor Schevens mit der Aufstellung eines Altarblocks und mit der Einfügung neuer Fenster in neugotischen Formen als Kapelle eingerichtet. Ab 1859 fanden hier Trauerfeiern statt. Der Zustand im Inneren wird deutlich beschrieben: „Die Kapelle sah dürftig genug aus, da die roh gezimmerten Dachbalken nicht verkleidet waren, auch ein Altarbild fehlte…“

Nach dem Brand der Klosterkirche in der Johannisnacht am 24. Juni 1888 wurde die Kapelle zur Abhaltung der Gottesdienste genutzt. 1895 erhielt die Kapelle ein hölzernes Tonnengewölbe und eine neue Tür. Das Äußere der Kapelle wurde mit dem Kreuz auf dem Giebel und dem Spruch „Deine Toten werden leben“ über der Tür versehen, der sich über die vermauerte Lünette hinweg zieht.

Detaillierte Kenntnisse zur Gestaltung der Kapelle im Laufe der Jahrzehnte konnte die Restauratorin Bettina Strauß aus Mirow bei der Auswertung der Putz- und Farbschichten gewinnen: Bei der Errichtung 1819 waren alle äußeren Wandoberflächen und das Putzgesims mit Kalkmörtel hergestellt und ursprünglich einfarbig hellrot gestrichen worden. Bei der Umgestaltung zur Kapelle 1858 waren neue neugotische Fenster eingesetzt und die Außenwände weißlich gestrichen worden. Aufwändig neu gestaltet wurde die Kapelle 1895: Außen mit einer neuen Eingangstür und einem hellen gelblichen Anstrich, innen mit einem hölzernen Tonnengewölbe, dessen Nadelholzbretter seitlich profiliert waren, deren Holzoberfläche mit einer rötlichen Wachslasur holzsichtig veredelt worden war. Gemalte rahmende Schablonenfriese und Blattornamente vervollständigten die würdevolle Neugestaltung. Bänke aus der Lexower Kirche wurden für die Malchower Kapelle umgearbeitet und wie die neue Tür und die hölzerne Tonne rötlich lasiert, so dass die Holzmaserung sichtbar blieb. Da die Umgestaltung von 1895 die letzte in sich geschlossene künstlerische Neuinterpretation oder Weiterentwicklung der Kapelle ist, wird die Wiederherstellung in jenen Zustand angestrebt. Folgende Reparaturen und Neuanstriche dienten lediglich der Bauunterhaltung.

Kurz nach der Umgestaltung 1895 wurde auch eine Sichtachse von der Kapelle durch das Friedhofsportal und durch das Gehölz des Engelschen Gartens zum See geschaffen. Die Umfassungsmauer des Friedhofs mit einer halbsteinschen Lochmauer aus Ziegeln ähnelt den Einfriedungsmauern, die am Kloster an vielen Stellen unter dem Einfluss des Architekten Friedrich Wilhelm Buttel entstanden sind. Die Mauer wurde hier erst bei der Erweiterung des Friedhofs um 1920 errichtet. Das Friedhofsportal stand einstmals frei.