Die Kirchenpatronat genannte Schirmherrschaft für Alt- und Neu-Malchow, ebenso wie für die Kirche in Lexow gehörten zur Gründungsausstattung des mittelalterlichen Frauenklosters. Somit hatte das Kloster nicht nur bei der Besetzung der jeweiligen Pfarrpfründe maßgeblichen Einfluss, sondern trug auch für sämtliche kirchlichen Gebäude der Stadt Malchow, wie Kirche, Pfarrhaus und Schule die Verantwortung. Bis 1825 war jeweils der zweite Pfarrer an der Stadtkirche für die Klostergemeinde mit samt der als Filialkirche bezeichneten Nebenkirche in Lexow zuständig. Mit der für das Kloster geschaffenen eigenen Pfarrstelle entfiel der zweite Pfarrer an der Stadtkirche.

Die beiden bis dahin als Schul- und Organistenhaus und als Wohnung für den Amtsjäger genutzten Häuser wurden zu einem einzigen Gebäude vereint. Das typische spätbarocke Doppelhaus des ausgehenden 18. Jahrhunderts wurde zum Pfarrhaus – direkt gegenüber der Klosterkirche, die zusätzlich auch als Pfarrkirche fungierte. Das Schulhaus zog auf die gegenüberliegende Straßenseite und wurde in einem bestehenden Wohnhaus eingerichtet.

Mit dem Umbau erhielt das Gebäude sein klassizistisches Aussehen. Es wird geprägt durch das mittig zusätzlich angeordnete, repräsentative Zwerchhaus, ein gaubenähnlicher Aufbau auf dem Dach, dessen Giebel mit der Fassade bündig ist.

Eine neuerliche Veränderung und Vergrößerung erfuhr das Pastorat in den Jahren 1867 und 1888 durch einen Anbau am südlichen Giebel und ist seit dieser Zeit unverändert erhalten. Rückseitig lag der Pfarrgarten, der vor allem als Nutzgarten für die Versorgung der Pfarrersfamilie diente.

Seit 1997 im Eigentum der Stadt Malchow wurde das alte Pastorat zum Orgelhaus. Gemeinsam mit der Klosterkirche gehört es zum Mecklenburgischen Orgelmuseum. Neben Ausstellungsräumen sind in dem Haus auch die Werkstatt, die Museumsbibliothek und das Depot untergebracht.

Die beiden bis dahin als Schul- und Organistenhaus und als Wohnung für den Amtsjäger genutzten Häuser wurden zu einem einzigen Gebäude vereint. Das typische spätbarocke Doppelhaus des ausgehenden 18. Jahrhunderts wurde zum Pfarrhaus – direkt gegenüber der Klosterkirche, die zusätzlich auch als Pfarrkirche fungierte. Das Schulhaus zog auf die gegenüberliegende Straßenseite und wurde in einem bestehenden Wohnhaus eingerichtet.

Mit dem Umbau erhielt das Gebäude sein klassizistisches Aussehen. Es wird geprägt durch das mittig zusätzlich angeordnete, repräsentative Zwerchhaus, ein gaubenähnlicher Aufbau auf dem Dach, dessen Giebel mit der Fassade bündig ist.

Eine neuerliche Veränderung und Vergrößerung erfuhr das Pastorat in den Jahren 1867 und 1888 durch einen Anbau am südlichen Giebel und ist seit dieser Zeit unverändert erhalten. Rückseitig lag der Pfarrgarten, der vor allem als Nutzgarten für die Versorgung der Pfarrersfamilie diente.

Seit 1997 im Eigentum der Stadt Malchow wurde das alte Pastorat zum Orgelhaus. Gemeinsam mit der Klosterkirche gehört es zum Mecklenburgischen Orgelmuseum. Neben Ausstellungsräumen sind in dem Haus auch die Werkstatt, die Museumsbibliothek und das Depot untergebracht.

Ein Modell stellt die Funktionsweise des Instrumentes dar und ist zugleich das Angebot, die Orgel selbst einmal zu spielen. In Führungen werden mehrere Orgeln und deren klangliche Eigenheiten vorgestellt.

Das Museum beherbergt Orgeln und Orgelteile, die am ursprünglichen Standort vom Verfall bedroht waren. Sie werden in der Regel als Leihgaben an das Museum gegeben. Hier erfolgt aber keine Restaurierung, sondern nur die Reinigung und Konservierung. In Abhängigkeit vom Erhaltungszustand werden sie auch wieder spielbar gemacht. Die akustischen Verhältnisse im Innenraum der Klosterkirche sind für Orgelmusik hervorragend. Das Museum bietet die seltene Möglichkeit, bis zu zehn verschiedene Orgeln im selben Raum hören zu können. In den angebotenen Führungen werden immer mehrere Orgeln vorgestellt.

Neben dem Hauptausstellungsraum in der Klosterkirche befinden sich im ehemaligen Pastorat auf der gegenüberliegenden Straßenseite weitere Ausstellungsräume. Dort sind auch Bibliothek, Werkstatt und Depot untergebracht.

Die Orgelforschung und die Erarbeitung eines Orgelinventars konzentrieren sich auf das historische Gebiet Mecklenburgs. Das Museum verfügt über eine umfangreiche Fachbibliothek. Zu dieser gehören auch mehr als 1.000 verschiedene Gesangsbücher und eine etwa 600 Stück umfassende Orgel-Schallplattensammlung. Die Sammlungen sind nach Terminabsprache für Interessierte nutzbar.

Besondere Highlights sind die Sommerkonzerte von Juli bis September mit der Sonntagsreihe Orgelmatinee.